南大寺是吴忠市区最早开放的一所清真寺院，位于吴忠市繁华的商业区清真食府内，始建于清朝光绪七年(1882)，在光绪十四年（1889），进行了第二次翻建，建国后，随着居住人口的发展和增多，进行第三次翻建。一九五八年宗教制度民主改革合坊并寺时，南寺保留。文化大革命期间，南寺停止了正常宗教活动。1979年通过落实党的宗教政策，南大寺被占房产退还给该寺，并被确定为“市级文物保护单位”开放使用。1998年和2003年南大寺再次翻建，现有上殿66间，商场66间，住房，沐浴房，营业房、女寺等共81间，总共204间。